این روش درمانی در بیماران سرپایی و بستری قابل اجراست. در هر جلسه درمانی بیمار بر روی صندلی طراحی شده برای این امر (که بی شباهت با یونیت دندانپزشکی نیست) می نشیند.

با توجه به ایجاد میدان مغناطیسی از بیمار خواسته می شود که قبل شروع پروسه درمانی کلیه اشیاء حساس به مغناطیس (مانند کارت اعتباری و جواهرات ناحیه سر و گردن) را از خود دور کند. در صورت امکان به وی محافظ شنوایی (پدهای داخل گوش) داده می شود تا از صدای پالس ایجاد شده یا امواج مغناطیسی دچار آسیب احتمالی نگردد.
اپراتور سر بیمار را در وضعیت مناسبی قرار می دهد و اقدام به اندازه گیری پارامترهای خاصی بر روی جمجمه بیمار می نماید تا محل دقیق قرار گیری کویل دستگاه بر روی منطقه مورد نظر مغز مشخص شود. سپس شروع به تعیین آستانه حرکتی بیمار نموده که عبارت است از حداقل قدرت مغناطیسی مورد نیاز جهت ایجاد انقباض در دست بیمار که از فردی به فرد دیگر فرق می کند. این عمل با تنظیم دستگاه جهت تولید تک پالس صورت می گیرد.

تعیین آستانه حرکتی روانپزشک را قادر می سازد تا برنامه درمانی مختص هر فردرا طرح ریزی نماید تا بیمار میزان مناسبی از انرژی مغناطیسی را دریافت کند نه بیشتر از حد نیاز و نه کمتر از ایجاد اثرات درمانی. پس از این اقدامات مجدداً کویل براساس اختلال روانپزشکی بیمار در محل مربوطه روی سر وی قرار می گیرد.